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本学の研究科は文献学と文化学の二軸より成っています。前者はインドから日本にいたる仏教を各種の文献に即して研究し、後者は歴史学、宗教学、美術史学等の視点を入れて仏教を総合的に研究することとしています。他に教員学生全員参加の形で仏教思想に於ける生命観（生命倫理）、自然観（環境問題）等の現代的課題を考察することとしています。
本学の第二の特色はその国際性に在ります。教員および学生はこれを広く国の内外から募集し、入学を許可された者は５年一貫教育の下で専任教員の直接の論文指導を受け、在学中に博士論文を完成することをめざします。さらに外国人客員教授を任用するとともに、随時、海外から優れた仏教学者、研究者を招聘して講演会、公開講義を催し、研究者間に活発な交流をはかります。
本学は附置研究所と附属図書館を擁し全体が研究教育を目指して有機的に機能するよう運営されています。研究所は本学の母体となったもので、これまで30余冊の研究書を刊行し、その活動は国際的に高く評価されています。附属図書館は厳選された内外の原典、研究書、逐次刊行物等100,000冊を擁し、仏教学図書館として世界に類を見ないものです。
